Fekvőbeteg osztályok

• Aneszteziológiai és Intenzívterápiás Osztály
• Általános és Mellkassebészeti Osztály
• Bőrgyógyászati Osztály
• Fej-nyak Sebészeti Osztály
• "A" Belgyógyászati Onkológiai Osztály
• "B" Belgyógyászati-Onkológiai és Klinikai Farmakológiai Osztály
• "C" Belgyógyászati-Onkológiai és Klinikai Farmakológiai Osztály
• Nőgyógyászati Osztály
• Nukleáris Medicina Osztály
• Sugárterápiás Osztály

Önálló szakrendelések

• I. Belgyógyászati Ambulancia
• II.sz. Kemoterápiás Belgyógyászati Ambulancia
• III.sz. Kemoterápiás Belgyógyászati Ambulancia
• Fájdalomcsillapítási Ambulancia
• Kardiológiai szakrendelés
• PET/CT Ambulancia
• Psychoonkológiai Szakambulancia és Rehabilitációs Osztály
• Szemészeti Osztály

Diagnosztikai és kutató osztályok

• Biokémiai Osztály
• Diagnosztikus Onkocytogenetikai Osztály
• Kísérletes Farmakológiai Osztály
• Klinikai Kísérleti Laboratóriumi Osztály
• Klinikai Központi Laboratórium
• Molekuláris Genetika Osztály
• Pathogenetikai Osztály
• Radiológiai Diagnosztikai Osztály
• Sebészi és Molekuláris Daganatpatológiai Centrum

Az Intézet működését segítő osztályok

• Ápolási Igazgatóság
• Gyógyszertár
• Higeinés szolgálat
• Kontrolling
• Központi Sterilizáló
• Nemzetközi kapcsolatok osztálya
• Orvosi Könyvtár
• Sugárvédelmi Szolgálat
• Biztonsági Szolgálat
• Beszerzési és Anyaggazdálkodási Osztály
• Epidemioloógia
• Élelmezési Osztály
• Gondnoki Osztály
• Közgazdasági Osztály
• Munkaerő- és Bérgazdálkodási Osztály
• Műszaki Osztály
• Nemzeti Rákregiszter
• Számítástechnikai Osztály
• Szervezési és módszertani Osztály